Rektorati është organi kolegjial ekzekutiv, i cili mbikëqyr veprimtarinë e institucionit dhe u propozon organeve kompetente marrjen e masave të nevojshme për të garantuar funksionimin e rregullt të universitetit. Në mbledhjen e parë, Rektorati thirret nga Rektori. Në vijim, për çdo mbledhje, thirret ose nga Rektori ose nga të paktën dy prej anëtarëve.
Funksionet dhe detyrat kryesore të Rektoratit janë:
- Harton planin strategjik të zhvillimit të universitetit, mbështetur në propozimet e Njësive Bazë, Njësive Kryesore të tij, si dhe ato të Administratorëve;
- Ndjek zbatimin e planit strategjik pas miratimit në Senatin Akademik;
- Harton raportin e detajuar vjetor të veprimtarisë së institucionit, të cilin e miraton Bordi i Administrimit dhe Senati Akademik;
- Monitoron dhe publikon rezultatet e vlerësimit të veprimtarive të universitetit;
- Bashkëpunon me Administratorin për hartimin e projektbuxhetit për ta paraqitur atë për miratim në Senatin Akademik dhe Bordin e Administrimit;
- Ndjek zbatueshmërinë e vendimeve të miratuara nga Senati Akademik dhe Bordi i Administrimit;
- Përgatit projektrregulloren e tij të punës, e cila miratohet nga Senati Akademik;
- Merr vendim në lidhje me emërimin në pozicione paralele të personelit akademik, ndihmësakademik dhe administrativ.
Funksionet e tjera të Rektoratit përcaktohen në rregulloret e institucionit.
